ATP熒光檢測儀是采用生物化學反應方法工作原理檢測ATP含量。使用時，用預先潤濕的ATP拭子采集標本， ATP拭子被緩沖液浸濕，這樣有助于從干燥或濕潤的表面提取生物物質（ATP）。拭子含有可以裂解細胞膜的試劑，能將細胞內ATP釋放出來，與試劑中含有的特異性酶發生反應，產生光，再用熒光照度計檢測發光值，微生物的數量與發光值成正比。